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【开源推荐】Genome.js:当DNA遇到开源

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自生命科学诞生以来,人类就一直从未停止过通过DNA来破译人体密码。本文介绍的genome.js是一个基于Node.js的开源平台,可以让你通过简单分析DNA来更好地了解你自己,你还可以基于它来开发自己的应用。

DNA是染色体的主要化学成分,是基因的组成材料,可组成遗传指令,以引导生物发育与生命机能运作。自生命科学诞生以来,人类就一直从未停止过通过DNA来破译人体遗传密码。

为什么地球上会有形形色色的生物?这是基因中的SNP决定的。SNP(Single Nucleotide Polymorphism,单核苷酸多态性)指的是在DNA序列中发生变异的单个碱基对,它造就了生物之间的各种差异。

这些非常高深的科学问题就留给科学家们去研究吧,不过本文介绍的这个开源项目可以让你通过简单分析DNA来更好地了解你自己。


genome.js开源项目

genome.js是一个基于Node.js构建的开源平台,是“OpenDNA运动”的一个产物,它可以利用数据流高性能地分析DNA SNP。

使用该项目分析DNA的步骤如下:

  1. 首先你需要获取你的DNA序列文件(这事需要交给医院来做,看看国外的医院报价和服务);
  2. 通过dna2json工具将SNP文件转换为SNP-JSON文件;
  3. 将你的SNP-JSON文件导入到genosets工具中进行分析;
  4. 你还可以通过GQL(Genome查询语言)来制作自己的分析工具。

该项目的意义

相比专业的DNA检测分析,genome.js有些小打小闹,但是像这样通过简单地分析DNA(前提是你首先要获得自己的DNA序列),你可以更好地了解自己,比如你身上的特征是怎么来的、你对药物的过敏性,还可以通过DNA来比较与其他人的差异,此外,你还可以通过它来找出潜在的健康问题以及哪些问题会遗传给下一代等等。

重要的是,这是一个采用MIT许可的开源项目,你可以用它来开发自己的应用,比如DNA分析、健康提醒等等。

项目官网:http://genomejs.com/

源码:https://github.com/genomejs/

备案号:鲁ICP备13029499号-2 说三道四 www.s3d4.cn 说三道四技术文摘